Das Forschungszulagengesetz nimmt bezüglich des Verfahrensrechts nur allgemein Stellung und erklärt die für Steuervergütungen geltenden Vorschriften der AO mit Ausnahme des § 163 AO für anwendbar (vgl. § 12 S. 1 FZulG).

Die für die Steuerfestsetzung geltenden Vorschriften sind auf die Festsetzung einer Steuervergütung sinngemäß anzuwenden (vgl. § 155 Abs. 5 AO). Eine Forschungszulage kann mithin, solange der Fall nicht abschließend geprüft ist, auch unter dem Vorbehalt der Nachprüfung festgesetzt werden, ohne dass das einer Begründung bedarf (vgl. § 164 Abs. 1 S. 1 AO). Außerdem unterliegt die Forschungszulage der Festsetzungsverjährung (vgl. §§ 169 ff. AO). Darüber hinaus gelten die Regelungen über die Bestandskraft (vgl. §§ 172 ff. AO).

Eine Außenprüfung in Bezug auf die Festsetzung einer Forschungszulage ist zulässig. Die allgemeinen Vorschriften über die Außenprüfung i.S.v. §§ 193 ff. AO gehören zum Dritten Abschnitt "Festsetzungs- und Feststellungsverfahren" der AO, welcher nach § 12 S. 1 FZulG i.V.m. § 155 Abs. 5 AO anwendbar ist. Allgemein ist eine Außenprüfung zulässig bei steuerpflichtigen Personen, die einen land- und forstwirtschaftlichen oder gewerblichen Betrieb unterhalten oder freiberuflich tätig sind (vgl. § 193 Abs. 1 AO).

Die Voraussetzung liegt bezüglich der Forschungszulage vor. Anspruchsberechtigt für eine Forschungszulage sind nur steuerpflichtige Personen i.S.d. Einkommen- und des Körperschaftsteuergesetzes, soweit sie (Gewinn-)Einkünfte entsprechend § 2 Abs. 1 S. 1 Nr. 1 bis 3 EStG erzielen und nicht von der Besteuerung befreit sind (vgl. § 1 Abs. 1 FZulG). Bei Mitunternehmerschaften i.S.d. § 15 Abs. 1 S. 1 Nr. 2 EStG tritt an die Stelle der steuerpflichtigen Person die Mitunternehmerschaft als anspruchsberechtigte Person (vgl. § 1 Abs. 2 S. 1 FZulG).

Die Prüfungsanordnung muss die Festsetzung der Forschungszulage umfassen. Die Finanzbehörde bestimmt den Umfang der Außenprüfung in einer schriftlich oder elektronisch zu erteilenden Prüfungsanordnung (vgl. § 196 AO).

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