Zwar sind mittlerweile durch die Rechtsprechung die wesentlichen Kriterien für die Anerkennung einer Anteilsveräußerung als (nicht steuerbare) Geschäftsveräußerung im Ganzen geklärt, jedoch bleibt die Anteilsveräußerung umsatzsteuerlich risikobehaftet. Denn eine Geschäftsveräußerung ist nicht nur an enge Voraussetzungen geknüpft, sondern auch von der weiteren Tätigkeit des Erwerbers abhängig.
Zur Risikominimierung sollte in der Praxis bereits im Vorfeld einer Anteilsveräußerung sorgfältig geprüft werden, ob die Voraussetzungen für eine Geschäftsveräußerung im Ganzen gegeben sind. Eine Fehleinschätzung kann zu einem Verlust des Vorsteuerabzugs bzw. einer Berichtigungspflicht (§ 15a UStG) führen.
Im zweiten Schritt sind bei der Ausgestaltung der Übertragungsverträge die in der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zu beachten. Insbesondere ist – ggf. mit entsprechender Garantievereinbarung und Schadensersatzregelung[22] – möglichst sicherzustellen, dass der Erwerber das übertragene Unternehmen bzw. den eigenständigen Unternehmensteil entsprechend fortführt. Im Fall der vorherigen Organschaft muss der Erwerber dazu ebenfalls mit der Tochtergesellschaft eine Organschaft begründen. Denn eine "gescheiterte Organschaft" wird steuerlich die Folgen auslösen, wie sie das FG Nürnberg vor Augen geführt hat.
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