Weiterhin räumte der Gesetzgeber in § 27 Abs. 22 Sätze 3 ff. UStG den jPöR ein Wahlrecht ein, für eine Übergangsfrist bis zum 31.12.2020 § 2 Abs. 3 UStG – wahlweise in der Auslegung durch die Finanzverwaltung oder unter Berücksichtigung der BFH-Rechtsprechung, wie die Finanzverwaltung später ausdrücklich bestätigte[16] – weiter anzuwenden. Dies konnten die jPöR einmalig bis zum 31.12.2016 gegenüber dem zuständigen Finanzamt erklären. Es handelte sich hierbei um eine nicht verlängerbare Ausschlussfrist,[17] so dass ein ungenutztes Verstreichen der Frist – ebenso wie ein späterer Widerruf während des Übergangszeitraums – zum Verlust des Optionsrechts führte. Von der Option haben die allermeisten jPöR Gebrauch gemacht.
Hatte die jPöR die Erklärung nach § 27 Abs. 22 UStG abgegeben, galt für sie erst einmal nicht die Neuregelung des § 2b UStG, sondern weiterhin § 2 Abs. 3 UStG a.F. Die Frist bis zum 31.12.2020 – immerhin fünf Jahre nach dem eigentlichen Inkrafttreten des § 2b UStG – wurde vom Gesetzgeber für die jPöR, die die Optionserklärung abgegeben und nicht widerrufen hatten, zweimal um je zwei Jahre bis zum 31.12.2024 verlängert (vgl. nachfolgend c).
Nach dem BMF-Schr. v. 19.4.2016 (BStBl. I, 481), konnte eine jPöR, die sich zuvor auf die neuere Rechtsprechung des BFH zur Unternehmereigenschaft von jPöR berufen hatte, dennoch eine Optionserklärung mit der Wirkung abgeben, dass für sie ab dem 1.1.2017 § 2 Abs. 3 UStG in der am 31.12.2015 geltenden Fassung anzuwenden war. Die jPöR hatte sich durch die frühere Berufung auf die von der Rechtsprechung aufgestellten Grundsätze nicht gebunden und konnte deswegen gleichwohl die Auslegung des § 2 Abs. 3 UStG im Sinne der Verwaltungsauffassung wählen.[18] Dies wird in der Literatur äußerst kritisch gesehen, da der bisherigen Verwaltungsauffassung durch die BFH-Rechtsprechung die rechtliche Grundlage entzogen worden ist und eine unionsrechtswidrige Rechtslage noch jahrelang weiter angewendet wird.[19]
Unklar ließ das BMF-Schr. v. 19.4.2016, ob die jPöR zwar für die weitere Anwendung des § 2 Abs. 3 UStG optieren, sich aber gleichzeitig gegen dessen Auslegung durch die Finanzverwaltung aussprechen und sich auf die Anwendung der BFH-Rechtsprechung berufen konnte. Durch das BMF-Schr. v. 16.12.2016, Rz. 60, sowie noch einmal durch das BMF-Schr. v. 27.7.2017[20] wurde klargestellt, dass dies möglich war.
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