Bei der Anwendung des profit split kommt zunächst der Dokumentation des aufzuteilenden Gewinns große Bedeutung zu. Hierbei bereiten die unterschiedlichen Regelungen zur steuerlichen Gewinnermittlung in den einzelnen Ländern erhebliche Probleme. Hier sollte proaktiv eine Verständigung mit den beteiligten Finanzverwaltungen angestrebt werden. Anderenfalls droht nicht nur eine erhebliche administrative Belastung, sondern auch der Verlust des Grundvorteils dieser Methode: der Verteilung von nicht mehr als dem tatsächlichen Gewinn auf die einzelnen Gesellschaften.
Weiterhin ist der Bestimmung des Aufteilungsschlüssels besondere Sorgfalt zu widmen. Hierfür reicht die sonst übliche Funktions- und Risikoanalyse ("Funktions- und Risikoanalyse") nicht aus. Vielmehr bedarf es einer genaueren Analyse der Wertschöpfungsbeiträge jeder einzelnen Gesellschaft und deren Bedeutung für die Gesamtleistung. Um die verwendeten Schlüssel gegenüber den Finanzverwaltungen verteidigen zu können, bedarf es regelmäßig einer umfangreichen Dokumentation ("Dokumentationspflichten").
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