Die Einführung der E-Rechnung ist nach den klaren Ausführungen in der Gesetzesbegründung der erste Schritt zur Einführung eines transaktionsbasierten Meldesystems.[138] Wie dieses Meldesystem national ausgestaltet sein soll, ist noch nicht bekannt. Die Bundesregierung wird dabei die Entwicklungen auf EU-Ebene berücksichtigen.[139] Die dortigen Verzögerungen dürften sich daher auch auf den Zeitplan für das nationale Meldesystem auswirken.
Hinsichtlich der E-Rechnung bleiben wichtige Aspekte klärungsbedürftig. Die Öffnungsklausel zum Erlass einer Rechtsverordnung sollte genutzt werden, um die zulässigen Formate einer E-Rechnung zeitnah konkret zu definieren.[140] Auf Seiten des Leistungs- und Rechnungsempfängers stellt sich die Frage nach den Folgen, wenn eine E-Rechnung nicht entgegengenommen wird bzw. werden kann. Mit Blick auf § 15 Abs. 1 Satz 1 Nr. 1 Satz 2 UStG ist in diesen Fällen der Vorsteuerabzug gefährdet. Fraglich ist zudem, ob dem Rechnungsempfänger in diesen Fällen auch eine Ordnungswidrigkeit i.S.d. § 26a Abs. 2 Nr. 1 UStG droht.
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