Die Teilnahme am ELStAM-Verfahren gilt noch nicht für Fälle, in denen für beschränkt steuerpflichtige Arbeitnehmer ein Freibetrag im Sinne des § 39a EStG berücksichtigt wird. Entsprechendes gilt, wenn deren Arbeitslohn nach den Regelungen in Doppelbesteuerungsabkommen auf Antrag von der Besteuerung freigestellt oder, wenn der Steuerabzug nach den Regelungen in Doppelbesteuerungsabkommen auf Antrag gemindert oder begrenzt wird.

In diesen Fällen und auch für Arbeitnehmer, die nach § 1 Absatz 2 EStG erweitert unbeschränkt einkommensteuerpflichtig sind oder nach § 1 Absatz 3 EStG auf Antrag wie unbeschränkt einkommensteuerpflichtig zu behandeln sind, hat das Betriebsstättenfinanzamt des Arbeitgebers (§ 41a Absatz 1 Satz 1 Nummer 1 EStG) wie bisher auf Antrag eine Papierbescheinigung für den Lohnsteuerabzug auszustellen und den Arbeitgeberabruf zu sperren.

Dies gilt auch dann, wenn für diesen Arbeitnehmerkreis auf Anforderung des Finanzamts oder aus anderen Gründen (z. B. früherer Wohnsitz im Inland) steuerliche Identifikationsnummern vorliegen. Der beschränkt einkommensteuerpflichtige Arbeitnehmer hat dem Arbeitgeber die Papierbescheinigung unverzüglich vorzulegen.

Der Arbeitgeber eines beschränkt einkommensteuerpflichtigen Arbeitnehmers ist zum Abruf der ELStAM berechtigt und verpflichtet, wenn dem beschränkt einkommensteuerpflichtigen Arbeitnehmer eine Identifikationsnummer zugeteilt und diese dem Arbeitgeber mitgeteilt wurde und der Arbeitnehmer keine Papierbescheinigung vorgelegt hat.

Wurde dem Arbeitgeber vom beschränkt einkommensteuerpflichtigen Arbeitnehmer eine Papierbescheinigung vorgelegt, tritt diese für den vermerkten Gültigkeitszeitraum an die Stelle der bereits abgerufenen ELStAM. Der Arbeitgeber hat in diesem Fall den Lohnsteuerabzug anhand der Papierbescheinigung vorzunehmen.

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