Bei der Führung des Lohnkontos müssen keine besonderen Formvorschriften beachtet werden. Entscheidend ist lediglich, dass das Lohnkonto alle erforderlichen Angaben enthält und dass die Aufzeichnungen fortlaufend, jedoch getrennt für jedes Kalenderjahr geführt und aufbewahrt werden.
Bei der manuellen Entgeltabrechnung werden die Lohnkonten in aller Regel als Karteikarten geführt. Dazu gehörende Nachweise, z. B. Reisekostenabrechnungen, werden als Belege beigefügt. In den Karteikarten werden für jeden Mitarbeiter die jeweiligen Angaben aus den Lohnabrechnungen eingetragen bzw. aufgezeichnet.
Bei der in der Lohnsteuerpraxis heute üblichen maschinellen Entgeltabrechnung durch ein Entgeltabrechnungsprogramm reicht es aus, wenn für jeden Arbeitnehmer ein Stammblatt angelegt wird, das alle für den Lohnsteuerabzug maßgebenden Merkmale enthält. An dieses Stammblatt werden die jeweiligen, für den Entgeltabrechnungszeitraum erstellten Lohn- und Gehaltsabrechnungen des laufenden Kalenderjahres angehängt. Zulässig sind auch Lohnkonten, die insgesamt maschinell geführt werden. Hierzu ist allerdings die Genehmigung des Betriebsstättenfinanzamts notwendig.
Die Beträge, die im Lohnkonto aufgezeichnet werden, müssen spätestens am Ende des Kalenderjahres aufgerechnet werden. Scheidet der Arbeitnehmer unterjährig aus, müssen die Beträge bis zum Ausscheidungszeitpunkt aufgerechnet werden. Danach ist das Lohnkonto jeweils zu schließen.
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