Macht der Arbeitgeber in den vom Gesetz zugelassenen Fällen von der Möglichkeit der Lohnsteuerpauschalierung Gebrauch, ist auch die Kirchensteuer zu pauschalieren. Er ist dann – wie bei der pauschalen Lohnsteuer – der Steuerschuldner. Die pauschale Kirchensteuer ist als Betriebsausgabe abzugsfähig.

Die Berechnung der pauschalen Kirchensteuer folgt anderen Grundsätzen als beim normalen Lohnsteuerabzug. Die Berechnungsmethode ist im Einvernehmen mit den obersten Kirchenbehörden festgelegt und in einem gleichlautenden Ländererlass nach folgenden Kriterien zusammengefasst worden[1]:

  • Wahlrecht zwischen vereinfachtem Verfahren und Nachweisverfahren für alle Pauschalierungsvorschriften;
  • Wegfall des ermäßigten Kirchensteuersatzes beim Nachweisverfahren;
  • Nachweis der Nichtkirchenzugehörigkeit durch amtliches Muster.

Der Arbeitgeber kann seine Methodenwahl sowohl für jeden Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum als für die jeweils angewandte Pauschalierungsvorschrift und darüber hinaus für die in den einzelnen Rechtsvorschriften aufgeführten Pauschalierungstatbestände unterschiedlich treffen.[2]

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