Beim Abschluss eines Franchisevertrags sollten sich beide Parteien darüber im Klaren sein, welche steuerlichen Verpflichtungen jeden Einzelnen von ihnen treffen.
Alle Leistungen, die vom Franchisegeber aufgrund der vertraglichen Vereinbarungen an den Franchisenehmer zu erbringen sind, unterliegen als sonstige Leistungen der Umsatzsteuer (i. S. des § 1 Abs. 1 Ziff. 1 UStG), die vom Franchisegeber zu zahlen ist.
Die dem Franchisegeber zustehenden Franchisegebühren und einmaligen Entschädigungszahlungen nach Aufhebung des Franchisevertrages sind einkommensteuerpflichtig. Der Franchisenehmer kann diese Kosten als Betriebsausgaben absetzen.
Der dem Franchisenehmer zufließende Gewinn aus der Veräußerung seines Betriebs an den Franchisegeber oder einen Dritten kann als außerordentliche Einnahme steuerbegünstigt werden (§§ 16, 34 EStG).
Die Eintrittsgebühr des Franchisenehmers gilt insoweit als sofort abzugsfähige Betriebsausgabe, als sie mit unmittelbaren Leistungen (z. B. Schulungen, Eröffnungswerbung, Gründungsberatung usw.) des Franchisegebers nach Vertragsschluss im Zusammenhang steht. Nur insoweit als mit der Eintrittsgebühr der Erwerb eines immateriellen Wirtschaftsguts (z. B. Gebietsschutz) verbunden ist, ist die Gebühr zu aktivieren und über die Laufzeit des Vertrages abzuschreiben. Auf Seiten des Franchisegebers ist die Gebühr als Betriebseinnahme im Jahr ihrer Entstehung zu erfassen. Umsatzsteuerlich unterliegt sie dem Regelsteuersatz.
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