Mit Urteil vom 13.11.2012 hat der BFH entschieden, dass vom Arbeitnehmer veruntreute Beträge nicht zum Arbeitslohn rechnen und dass eine Minderung der Festsetzung einer Lohnsteuer-Entrichtungsschuld durch eine Änderung der Lohnsteuer-Anmeldung unter den Voraussetzungen des § 164 Abs. 2 Satz 1 AO auch nach Übermittlung oder Ausschreibung der Lohnsteuerbescheinigungen zulässig ist.
Das BFH-Urteil (Az. VI R 38/11) ist wie folgt anzuwenden:
1. Vorliegen von Arbeitslohn
Überweist ein Arbeitnehmer unter eigenmächtiger Überschreitung seiner Befugnisse Beträge, die ihm vertraglich nicht zustehen, auf sein Konto, liegt kein Arbeitslohn i. S. d. § 19 Abs. 1 Satz 1 Nr. 1 EStG vor. Hingegen gehören versehentliche Überweisungen des Arbeitgebers auch dann zum Arbeitslohn des Arbeitnehmers, wenn sie der Arbeitgeber zurückfordern kann (BFH v. 4.5.2006, VI R 17/03, BStBl 2006 II S. 830).
2. Änderung von Lohnsteuer-Anmeldungen
Die Änderung von Lohnsteuer-Anmeldungen und von Lohnsteuerfestsetzungen ist unter den Voraussetzungen des § 164 Abs. 2 Satz 1 AO auch nach Ablauf des für die Anmeldung maßgebenden Kalenderjahres zulässig. Führt die geänderte Lohnsteuer-Anmeldung zu einer geringeren Lohnsteuer, ist eine Änderung aber nur in Fallgestaltungen zulässig, die mit dem vom BFH entschiedenen Sachverhalt vergleichbar sind. Eine vergleichbare Fallgestaltung liegt vor, wenn sich der Arbeitnehmer die Beträge, für die Lohnsteuer einbehalten worden ist, ohne vertraglichen Anspruch gegen den Willen des Arbeitgebers verschafft hat.
In solch einem Fall hat das Finanzamt dem Änderungsantrag ungeachtet der sich aus § 41c Abs. 3 Satz 1 EStG ergebenden Rechtsfolgen zu entsprechen, wenn der Arbeitgeber die nach Maßgabe des § 41b Abs. 1 Satz 2, Abs. 1 Satz 4 oder Abs. 3 Satz 1 EStG bereits übermittelte oder ausgestellte Lohnsteuerbescheinigung berichtigt. Der Arbeitgeber hat die berichtigte Lohnsteuerbescheinigung entsprechend zu kennzeichnen.
Für den Antrag auf Änderung einer Lohnsteuer-Anmeldung ist nach § 41a Abs. 1 Satz 1 EStG das Betriebsstättenfinanzamt zuständig. Der Arbeitgeber hat seinen Änderungsantrag zu begründen; § 41c Abs. 4 Satz 1 EStG gilt entsprechend.
3. Haftung nach § 42d Abs. 1 Nr. 3 EStG
Sind Angaben in der Lohnsteuerbescheinigung unrichtig oder nicht vollständig, haftet der Arbeitgeber nach § 42d Abs. 1 Nr. 3 EStG für die Einkommensteuer (Lohnsteuer), die aufgrund der fehlerhaften Lohnsteuerbescheinigung verkürzt wird.
BMF, Schreiben v. 7.11.2013, IV C 5 - S 2378/0-07