Die GmbH und ihre Gesellschafter sind zivilrechtlich eigenständige Rechts- und Vermögenssubjekte. Das Steuerrecht schließt sich dem an: Die GmbH und ihr(e) Gesellschafter sind jeweils selbstständige "Steuersubjekte". Daher sind schuldrechtliche Leistungsbeziehungen zwischen einer GmbH und dem Gesellschafter (wie z. B. Arbeits- oder Dienstverträge) grundsätzlich auch steuerlich anzuerkennen. Sie führen auf der Ebene der GmbH zu Betriebsausgaben, die dort das steuerliche Ergebnis mindern, auf der Ebene des Gesellschafter-Geschäftsführers zu Einkünften aus nicht selbstständiger Arbeit.
Verwirft das Finanzamt eine getroffene Vereinbarung, hat dies zur Folge, dass alle daraus resultierenden Vergütungen als vGA behandelt werden. Dies gilt selbst dann, wenn die Vergütung der Höhe nach angemessen ist. Im Gegensatz dazu wird bei unangemessen hohen Vergütungen nur der über der Grenze der Angemessenheit liegende Teil als vGA behandelt.
Hintergrund der Diskussion mit dem Steuerprüfer ist, dass bei ungerechtfertigt hohen Vergütungen der Verdacht mehr als nahe liegt, dass es sich um Gewinnverlagerungen von der Gesellschaft zum Gesellschafter handelt. Natürlich muss der Gesellschafter seine Vergütung als Geschäftsführer auch versteuern (Einkünfte aus nichtselbständiger Tätigkeit), aber auf der Seite der Gesellschaft wird das zu versteuernde Einkommen gemindert, wodurch Gewerbesteuer und Körperschaftsteuer zzgl. SolZ reduziert werden. Dies kann dann durchaus die günstigere Alternative sein.
Ausschlaggebend für die steuerrechtliche Betrachtung der Vergütung ist also die Eruierung der Frage, ob die Höhe der Vergütung ihre Grundlage in einer schuldrechtlichen Anstellungsvereinbarung oder im Gesellschaftsverhältnis hat.
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