Beim strategischen F&E-Controlling steht die strategische Ausrichtung im Vordergrund. Dabei ist es wichtig, sich sowohl an der Umwelt und der daraus resultierenden Chancen und Risiken als auch an den Ressourcen des Unternehmens zu orientieren. Die Strategie leitet sich somit aus dem Markt und den eigenen Kernkompetenzen ab. Durch die Portfoliotechnik erfolgt eine systematische Auswahl von F&E-Projekten. Das Projektportfolio unterliegt dabei Schwankungen, die durch verschiedene Einflussfaktoren verursacht werden.

Dabei kann auch die bereits beschriebene Kapitalwertmethode herangezogen werden. Durch den Vergleich der Kapitalwerte mehrerer F&E-Projekte wird aus rein finanziellen Gesichtspunkten das für das Unternehmen am geeignetste Projektportfolio ausgewählt. Dennoch ist wichtig, dass der Kapitalwert nicht alleinige Entscheidungsgrundlage ist, sondern auch mehrdimensionale Verfahren herangezogen werden können.

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