Zum 1.12.2004 wurden die Handelsregistergebühren umfassend neu geregelt.[49] Die Gebührenfestsetzung erfolgt seit diesem Zeitpunkt anhand des tatsächlich angefallenen Aufwands. Bis zum 1.12.2004 wurden die Gebühren auf Basis des Gegenstandswerts berechnet. Das war teilweise sehr teuer und seit längerem umstritten, da es nicht den europarechtlichen Vorgaben entsprach. Ausgelöst wurde die Neuregelung der Handelsregistergebühren letztlich durch ein Urteil des EuGH aus dem Jahre 1997, der so genannten Fantask-Entscheidung.[50] Die §§ 79, 79a KostO bestimmten im Wesentlichen, dass die Höhe der Gebühren für eine Handelsregistereintragung durch eine Verordnung festzulegen ist. Nach der Aufhebung der KostO wurde diese Regelung im Wesentlichen in § 58 Abs. 1 Gerichts- und Notarkostengesetz übernommen.[51]
Der Sinn der Festlegung der Gebühren im Rahmen einer Verordnung und nicht innerhalb de Gerichts- und Notarkostengesetzes selbst liegt darin, dass auf diesem Weg eine zukünftige Anpassung der Gebühren an veränderte tatsächliche Kosten leichter möglich ist, als dies in einem förmlichen Gesetzgebungsverfahren der Fall wäre. Die auf dieser Grundlage erlassene Handelsregistergebührenverordnung.[52] enthält als Anhang ein Gebührenverzeichnis, aus dem sich die Höhe der anfallenden Gebühren im Detail ergibt. Die Gebührenhöhe richtet sich dabei ausschließlich nach der durchzuführenden Tätigkeit und variiert nicht entsprechend dem eingetragenen Kapital des betroffenen Unternehmens. Die in der Gebührenordnung festgelegten Sätze beruhen auf einer Erhebung der Landesjustizverwaltungen, die die tatsächlich anfallenden Kosten der Registergerichte festgestellt haben. Ab 1.8.2022 gelten hierbei neue Kosten.
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