Die Nachversteuerung für sämtliche niedrig besteuerte Einheiten in einem Staatsgebiet findet in der Regel auf der Ebene der obersten[1] – in aller Regel in einem anderen Staatsgebiet ansässigen – Muttergesellschaft statt (sog. Top-Down-Ansatz; Anwendung der PES). Bei einer deutschen obersten Muttergesellschaft mit ausländischen Geschäftseinheiten würde eine Nachversteuerung demnach auf der Ebene der deutschen Muttergesellschaft greifen. Staatliche Einheiten, internationale Organisationen, Organisationen ohne Erwerbszweck, Pensionseinheiten, Investmentvehikel/Immobilien-Investmentvehikel, die oberste Muttergesellschaften sind, sowie deren Beteiligungsgesellschaften und sog. qualifizierte Tochtergesellschaften werden allerdings gem. § 5 MinStG als "ausgeschlossene Einheiten" definiert.[2] Hat sich der ausländische Staat dafür entschieden, die Niedrigbesteuerung für in seinem Gebiet belegene untergeordnete Einheiten selbst durch eine ausländische anerkannte nationale Ergänzungssteuer auf das geforderte Mindestniveau von 15 % anzuheben, so wird diese auf der Ebene der deutschen obersten Muttergesellschaft grundsätzlich angerechnet.[3] Es ist zu erwarten, dass die Mehrheit der am "Säule 2"-Projekt beteiligten Länder eine nationale Ergänzungssteuer einführen wird, um einen Zugriff des Staates der obersten Muttergesellschaft auf die im eigenen Land erwirtschafteten Gewinne zu verhindern.

Für Deutschland enthält das Mindeststeuergesetz in § 90ff. MinStG ebenfalls Regelungen für eine anerkannte nationale Ergänzungssteuer, die neben die Körperschaftsteuer tritt. Hierdurch wird sichergestellt, dass im (eher unwahrscheinlichen) Fall einer Niedrigbesteuerung in Deutschland die Nachversteuerung an den deutschen Fiskus – und nicht über eine ausländische Primär- oder Sekundärergänzungssteuerregelung an eine ausländische Finanzverwaltung – zu entrichten ist.

[1] Allerdings kann der Ergänzungssteuerbetrag in Form einer PES – statt bei der obersten Muttergesellschaft – auch auf der Ebene einer zwischengeschalteten oder einer in Teileigentum stehenden Muttergesellschaft erhoben werden. Zu den Begriffen s. § 4 Abs. 3, 4 und 5 MinStG.
[2] Zwar unterliegen ausgeschlossene Einheiten selbst grundsätzlich nicht der Mindeststeuer, jedoch sind ihre Umsatzerlöse bei der Prüfung der Umsatzgrenze von 750 Mio. Euro zu berücksichtigen, § 1 Abs. 4 MinStG.

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