Nachgehend
Tatbestand
Gegenstand des Unternehmens der Klägerin sind …, und … Untersuchungen sowie die Untersuchung von … und …. Gesellschafter und Geschäftsführer der am 10.12.1985 gegründeten Klägerin waren laut Verträgen vom 18.12.1985 Herr … s mit einer Stammeinlage von 20.000 DM und Herr … n mit einer Stammeinlage von 30.000 DM. 1989 wurde Herr … r als neuer Gesellschafter aufgenommen und zum weiteren Geschäftsführer bestellt. Unter gleichzeitiger Erhöhung des Stammkapitals ergeben sich ab dem 1.1.1989 folgende Beteiligungen: … n 51.000 DM, … s 20.000 DM und … r 29.000 DM.
I.
Im Rahmen einer bei der Klägerin durchgeführten Betriebsprüfung wurden unter anderem folgende Feststellungen getroffen:
1. Die Klägerin ist seit dem 1.11.1987 alleinige Mieterin und Nutzerin des Geschäftsgrundstücks … B. in …. Eigentümerin ist die Ehefrau des beherrschenden Gesellschafter-Geschäftsführers … n, Frau … n. Nach dem abgeschlossenen Formularmietvertrag für gewerbliche Räume vom 31.10.1987 ist Gegenstand des Mietvertrags das „Hausgrundstück … B.”. Als Mietzins ist 12 DM je qm Wohnfläche monatlich festgelegt. Vor dem Kauf durch Frau … n am 1.11.1987 war das Grundstück als Einfamilien- bzw. Zweifamilienhaus bewertet.
a) Am 15.6.1989 wurde der Klägerin die Baugenehmigung zur Errichtung eines Anbaus als Bürogebäude erteilt. Am 28.11.1989 erfolgte die Bauabnahme. Die Kosten für die Errichtung des Anbaus betrugen … DM. Die Klägerin machte einen entsprechenden Vorsteuerabzug geltend. Zuvor hatte die Klägerin die Zustimmung durch die Eigentümerin eingeholt. Dazu war ein vorläufiger Mietzins neu festgesetzt worden. In dem Vorvertrag vom 10.1.1989 heißt es dazu: „Die Vermieterin wird das Hausgrundstück … an die Mieterin vermieten. Der Beginn des Mietvertrages … wird zwischen den Beteiligten noch festgelegt. Unter diesen Voraussetzungen erteilt die Vermieterin … die Zustimmung zum Umbau.”
b) In einer Zusatzvereinbarung zum Mietvertrag vom 31.10.1987 heißt es unter dem Datum vom 31.3.1989: „Wegen der durchzuführenden Baumaßnahmen an dem Mietgegenstand läßt sich die Höhe der Miete derzeit noch nicht endgültig festlegen. Die Miete wird vorläufig um 1.000 DM erhöht …. Die Nachzahlungen können für die vorläufige Miete auch bis spätestens zum 31.12.1989 erfolgen.”
Die Nutzfläche des Anbaus beträgt 58,38 qm im Erdgeschoß und 56,60 qm im Obergeschoß (zusammen. 114,98 qm). In einem Anhang zur Zusatzvereinbarung vom 31.10.1989 und Ergänzung vom 31.3.1989 zum Mietvertrag heißt es unter dem 2.1.1990: „Die bisher vorläufig festgesetzte Miete wird nunmehr auf monatlich 2.680 DM festgesetzt …. Dieser Vertrag gilt für, die Dauer von 10 Jahren.” Vereinbarungen hinsichtlich einer späteren Entschädigung durch die Grundstückseigentümerin bei Beendigung des Mietverhältnisses wurden nicht getroffen. Am 21.12.1989 erhielt Frau … n rückwirkend Mietzahlungen für die Monate April bis Dezember 1989, denen die Vereinbarung vom 31.3.1989 zugrundelag, allerdings nicht 9.000 DM, sondern 10.000 DM.
2. In den Geschäftsführerverträgen heißt es, daß der Geschäftsführer seine ganze Arbeitskraft der Gesellschaft zur Verfügung zu stellen habe und an eine bestimmte Arbeitszeit nicht gebunden sei. Als Monatsgehalt zuzüglich Urlaubs- und Weihnachtsgeld wurde für Herrn … n ein Betrag von 6.000 DM und für Herrn … s ein Betrag von 3.500 DM vereinbart.
a) Am 8.1.1986 wurden die Gesellschafter-Geschäftsführerverträge um folgende Zusatzvereinbarung ergänzt: „Wegen des hohen Arbeitseinsatzes und der vielen Überstunden … werden die Geschäftsführer für das gesamte Kalenderjahr über ihre vertraglichen Bezüge hinaus noch eine zusätzliche Vergütung erhalten, die für den Geschäftsführer Herrn … n 30.000 DM und für den Geschäftsführer Herrn … s 20.000 DM für das gesamte Jahr 1986 beträgt.”
In Abänderung dieser Vereinbarung wurde für die folgenden Jahre weitere Erhöhungen beschlossen und zwar am 14.1.1987 für 1987 DM 75.000 bzw. DM 50.000, am 30.12.1987 für 1988 DM 180.000 bis DM 120.000 und am 2.1.1989 für 1989 DM 180.000 bzw. DM 72.000 für … n bzw. Herrn …s. Das Arbeitsverhältnis von Herrn … r begann am 1.4.1989; laut Vertag vom 29.1.1989 erhielt dieser neben einem festen Monatsgehalt von 8.000 DM im „Hinblick auf enormen Arbeitseinsatz” mit Vertrag vom 1.4.1989 für das Jahr 1989 eine Zusatzvergütung von 80.000 DM.
b) Durch Gesellschafterbeschluß vom 30.12.1989 wurden die Zulagen für 1990 neu geregelt, indem die Geschäftsführer erstmals eine Gefahrenzulage in Höhe von jeweils 30.000 DM erhielten und indem die Geschäftsführer für Zusatzarbeiten 153.600 DM (… n), 74.400 DM (… r) und 42.000 DM (… s) erhielten.
c) Neben der jährlichen Erhöhung der Zusatzvergütungen erfolgte ferner eine Anpassung der laufenden Gehälter und Erhöhung der Pensionszusagen. So betrugen die laufenden Gehälter zum Ende des Betriebsprüfungszeitraums (Ende 1990) für … n 14.000 DM und für … s und … r je 9.000 DM monatlich.
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