Die Betriebsaufspaltung endet, wenn die sachlichen[1] und/oder personellen[2] Voraussetzungen hierfür entfallen (sachliche oder personelle Entflechtung). Ein solches Ende kann beabsichtigt sein, z. B. wenn das Besitzunternehmen die an die Betriebs-GmbH verpachteten Gestände veräußert (sachliche Entflechtung) oder durch Übertragung der GmbH-Anteile die personellen Voraussetzungen entfallen (personelle Entflechtung).
Wird eine Betriebsaufspaltung aufgrund der Auflösung der sachlichen oder personellen Verflechtung beendet, ob gewollt oder ungewollt, führt dies zu einer Betriebsaufgabe[3], verbunden mit einer Realisierung der stillen Reserven einschließlich der stillen Reserven in den Geschäftsanteilen der Betriebs-GmbH.[4]
Sachliche Entflechtung durch Veräußerung der Grundstücke
Eine durch die Veräußerung der Grundstücke herbeigeführte sachliche Entflechtung (Wegfall der Voraussetzungen der Betriebsaufspaltung) führt dazu, dass sämtliche der zu dieser Zeit im Betriebsvermögen des Besitzunternehmens verbliebenen Wirtschaftsgüter – insbesondere also die Geschäftsanteile des Besitzunternehmers an der Betriebs-GmbH – „automatisch“, d. h. durch einen die im Regelfall erforderliche Entnahmehandlung ersetzenden Rechtsvorgang, in das Privatvermögen übergehen. Die GmbH-Anteile werden nach Wegfall der Voraussetzungen der Betriebsaufspaltung zwangsläufig Privatvermögen (sog. Zwangsprivatisierung der GmbH-Anteile), eine spätere Anteilsübertragung beurteilt sich dann nach § 17 EStG.[5]
Personelle Entflechtung durch Veräußerung der GmbH-Anteile
Zu einem Wegfall der Voraussetzungen der Betriebsaufspaltung mit der Folge der Zwangsprivatisierung der nicht veräußerten Wirtschaftsgüter des Besitzunternehmens kommt es auch dann , wenn der Besitzunternehmer nicht die Grundstücke, sondern die GmbH-Anteile als erste veräußert. In diesem Fall entfällt im Zeitpunkt der Übertragung der GmbH-Anteile die personelle Verflechtung zwischen dem Besitzunternehmen und der Betriebs-GmbH mit der Folge, dass die Grundstücke „automatisch“ in das Privatvermögen des Besitzunternehmers übergegehen und die in ihnen enthaltenen stillen Reserven aufzudecken sind.
Keine Zwangsbetriebsaufgabe bei Betriebsverpachtung im Ganzen
Die Beendigung der Betriebsaufspaltung durch Wegfall der sachlichen oder personellen Verflechtung führt beim Besitzunternehmen nicht zwangsläufig zu den Folgen einer Betriebsaufgabe, wenn außer den Voraussetzungen einer Betriebsaufspaltung auch die Voraussetzungen einer Betriebsverpachtung im Ganzen i. S. d. § 16 Abs. 3b EStG vorliegen.[6] In einem solchen Fall lebt das dem Betriebsverpächter prinzipiell zustehende Wahlrecht, die Verpachtung seines Betriebs entweder als Betriebsaufgabe oder lediglich als Betriebsunterbrechung zu behandeln, nach Beendigung der Betriebsaufspaltung wieder auf.[7]
Keine Zwangsbetriebsaufgabe durch Organisation des Besitzunternehmens als gewerblich geprägte Personengesellschaft
Die Regelung des § 16 Abs. 3b EStG gilt jedoch nicht für gewerblich geprägte Personengesellschaften, da diesen aufgrund der gewerblichen Prägung das Verpächterwahlrecht nicht zusteht.[8]. Zu einer Zwangsbetriebsaufgabe kommt es daher nicht und es besteht auch kein Wahlrecht, wenn die Besitzgesellschaft den Tatbestand einer gewerblich geprägten Personengesellschaft i. S. d. § 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG (z. B. GmbH & Co. KG) erfüllt. Da eine gewerblich geprägte Personengesellschaft stets und in vollem Umfang Einkünfte aus Gewerbebetrieb erzielt, die auch der Gewerbesteuer unterliegen, wird eine Betriebsaufgabe beim Besitzunternehmen verhindert.
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