Die Kirchenlohnsteuer wird zusammen mit der Lohnsteuer durch Steuerabzug vom Arbeitslohn erhoben.
Wird die Lohnsteuer pauschaliert, muss grundsätzlich auch die Kirchensteuer pauschal berechnet werden. Einzige Ausnahme ist die Lohnsteuer-Pauschalierung bei geringfügig beschäftigten Arbeitnehmern, bei denen die Pauschalierung mit 2 % vorgenommen wird: hier entfällt die Kirchensteuer-Pauschalierung, da mit der Pauschalsteuer Kirchensteuer und Solidaritätszuschlag abgegolten sind.
Bei der Kirchensteuer-Pauschalierung kann der Arbeitgeber zwischen dem vereinfachten Verfahren und dem Nachweisverfahren wählen. Diese Wahl kann der Arbeitgeber unterschiedlich treffen
- für jeden Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum,
- für die jeweils angewandte Pauschalierungsvorschrift und
- für die in den einzelnen Rechtsvorschriften aufgeführten Pauschalierungstatbestände.
Im Rahmen des vereinfachten Verfahrens berechnet der Arbeitgeber für alle seine Arbeitnehmer einen pauschalen Kirchensteuersatz, unabhängig davon, ob der Arbeitnehmer Mitglied einer anerkannten Religionsgemeinschaft ist. Der Kirchensteuerpauschsatz in % der pauschalierten Lohnsteuer beträgt 4 % für Hamburg, 5 % für die Bundesländer Berlin, Brandenburg, Mecklenburg-Vorpommern, Sachsen, Sachsen-Anhalt und Thüringen, 4,5 % für Baden-Württemberg und 6 % für Niedersachsen und Schleswig-Holstein. Für alle anderen Bundesländer beträgt der Pauschsatz 7 % (Bayern, Bremen, Hessen, Nordrhein-Westfalen, Rheinland-Pfalz und Saarland).
Die im vereinfachten Verfahren ermittelten Kirchensteuern sind in der Lohnsteuer-Anmeldung unter der Kennzahl 47 gesondert anzugeben.
Beim Nachweisverfahren werden pauschal besteuerte Vergütungsbestandteile nur dann mit einer pauschalen Kirchensteuer berechnet, wenn der Arbeitnehmer tatsächlich Mitglied einer anerkannten Religionsgemeinschaft ist. In diesem Fall muss der reguläre Kirchensteuersatz von 8 % bzw. 9 % angewandt werden.
Die Höhe der Kirchensteuersätze ergibt sich sowohl bei Anwendung der Vereinfachungsregelung als auch im Nachweisverfahren aus den Kirchensteuerbeschlüssen der steuererhebenden Religionsgemeinschaften. Die geltenden Regelungen werden für jedes Kalenderjahr im Bundessteuerblatt Teil I veröffentlicht.