Betriebsprüfung einfach erklärt – Ablauf, Risiken & Tipps

Was ist eine Betriebsprüfung?

Eine Betriebsprüfung durch das Finanzamt ist eine behördliche Kontrolle, bei der geprüft wird, ob ein Unternehmen seine steuerlichen Pflichten korrekt erfüllt.

Im Bereich der Sozialversicherung führen die Träger der gesetzlichen Rentenversicherung entsprechende Prüfungen nach § 28p SGB IV mindestens alle vier Jahre durch. Sie kann sich auf das gesamte Rechnungswesen des Unternehmens erstrecken, um alle entgeltbezogenen Vorgänge zu erfassen.

Eine Betriebsprüfung durch das Finanzamt kann alle Unternehmen, unabhängig von Größe oder Branche betreffen und sie kann erhebliche Auswirkungen auf die Betriebssteuern und die Liquidität des Unternehmens haben.

Was prüft das Finanzamt bei einer Betriebsprüfung?

Die Betriebsprüfer:innen des Finanzamts kontrollieren, ob das Unternehmen seine steuerlichen Pflichten erfüllt. Dazu gehören insbesondere:

• die korrekte Ermittlung von Betriebssteuern,
• die Einhaltung der Lohnsteuerpflichten,
• die ordnungsgemäße Buchführung und Dokumentation,
• Umsatzsteuer und Gewinnermittlung.

Hinweis: Sozialversicherungsbeiträge und Meldungen prüft nicht das Finanzamt, sondern die zuständigen Träger der Sozialversicherung (z. B. Deutsche Rentenversicherung).

Wann und wie oft macht das Finanzamt eine Betriebsprüfung?

Wie oft eine Betriebsprüfung durch das Finanzamt stattfindet, hängt von der Größe des Betriebs ab.

Großbetriebe werden fast lückenlos bzw. fortlaufend geprüft. Nach Abschluss einer Prüfung folgt in der Regel direkt eine Anschlussprüfung. Mittelgroße Betriebe werden durchschnittlich etwa alle zwölf Jahre geprüft. Klein- und Kleinstbetriebe unterliegen keinem festen Turnus. Hier finden Prüfungen nur sporadisch statt, oft anlassbezogen, z. B. bei Auffälligkeiten in den Steuererklärungen oder Kontrollmitteilungen. Auch mehrere Prüfungen in kurzen Abständen sind möglich, sofern keine Willkür vorliegt.

Generell führt das Finanzamt eine Betriebsprüfung in folgenden Fällen durch:

• Wenn der persönliche Prüfungsturnus eines Betriebs den durchschnittlichen Turnus deutlich überschreitet oder der Betrieb noch nie geprüft wurde.
• Nach dem Zufallsprinzip.
• Wenn auffällige oder nicht ausreichend erläuterte Sachverhalte in der Steuererklärung auftauchen.
• Wenn betriebliche Kennzahlen im internen oder externen Vergleich abweichen, die nicht erklärt wurden.
• Wenn sich die Kennzahlen im internen Vergleich erheblich verschlechtern und dies nicht erläutert ist.
• Wenn dem Finanzamt Kontrollmaterial oder eine (auch anonyme) Anzeige vorliegt.

Wie läuft eine Betriebsprüfung durch das Finanzamt ab?

Eine Betriebsprüfung durch das Finanzamt läuft in mehreren Schritten ab:

1. Die schriftliche Prüfungsanordnung und Terminvereinbarung durch das Finanzamt muss dem Steuerpflichtigen mindestens zwei Wochen vor Prüfungsbeginn zugehen (bei Großbetrieben vier Wochen). Die Anordnung enthält Angaben zu Umfang, Zeitraum, Steuerarten, Prüfer und dem Beginn der Betriebsprüfung.
2. Der Prüfer weist sich am vereinbarten Termin aus und dokumentiert Datum und Uhrzeit des Prüfungsbeginns. Danach ist eine strafbefreiende Selbstanzeige wegen Steuerhinterziehung nicht mehr möglich.
3. Zu Beginn findet ein Einführungsgespräch statt, in dem der Prüfer die Vorgehensweise erläutert. Hier können auch mögliche Prüfungsschwerpunkte der Betriebsprüfung erörtert werden.
4. Je nach Prüfungsart kann eine Betriebsbesichtigung erfolgen, um sich ein Bild von den betrieblichen Abläufen und Gegebenheiten zu machen.
5. Der Prüfer sichtet und prüft die relevanten Unterlagen, Bücher und Belege. Während der Prüfung können Rückfragen gestellt und weitere Unterlagen angefordert werden. Die Ansprechperson sollte für Rückfragen erreichbar sein.
6. Das Finanzamt ist verpflichtet, strittige Sachverhalte mit dem Steuerpflichtigen zu besprechen.
7. Nach Abschluss der Prüfung findet in der Regel eine Schlussbesprechung statt, in der die Ergebnisse erläutert werden. Die Feststellungen werden im Prüfungsbericht dokumentiert. Der Prüfungsbericht selbst ist nicht bindend, sondern dient der Dokumentation.

Welche Kosten und Risiken gibt es bei einer Betriebsprüfung?

Die Kosten einer Betriebsprüfung trägt grundsätzlich der geprüfte Betrieb selbst. Darunter fallen z. B. interne Aufwendungen, wenn Unterlagen zusammengestellt werden müssen und Mitarbeiter der Buchhaltung während der Prüfung mitwirken müssen. Diese Kosten werden nicht ersetzt, auch ein eventueller Verdienstausfall wird nicht erstattet. Auch eventuelle Kosten für eine steuerliche oder rechtliche Beratung im Zusammenhang mit der Prüfung muss das Unternehmen selbst tragen.

Risiken einer Betriebsprüfung

Werden Mängel in der Buchführung festgestellt, kann das Finanzamt Umsätze und Gewinne schätzen. Bei erheblichen Mängeln droht ein Sicherheitszuschlag von bis zu 20 Prozent. Besonders bei bargeldintensiven Betrieben (z. B. Gastronomie, Einzelhandel) werden häufig Kassenführung und Buchführung geprüft. Mängel führen regelmäßig zu Hinzuschätzungen von Umsätzen und Gewinnen. Die Verwerfung der Buchführung kann erhebliche Steuernachzahlungen und Zinsbelastungen nach sich ziehen. Bei festgestellten Verstößen gegen steuerliche Pflichten haftet der Geschäftsführer einer GmbH persönlich für Steuerschulden.

Wie lange prüft eine Betriebsprüfung rückwirkend?

Die Rückwirkung einer Betriebsprüfung ist durch die steuerlichen Festsetzungsfristen begrenzt. Zwar bestimmt das Finanzamt den Prüfungszeitraum nach pflichtgemäßem Ermessen, es darf aber nur Zeiträume prüfen, für die die steuerlichen Festsetzungsfristen noch nicht abgelaufen sind. Denn eine Prüfung wäre unzulässig, wenn mit Sicherheit feststeht, dass die Ergebnisse keine steuerliche Auswirkung mehr haben können, weil sie verjährt sind. Die Festsetzungsfrist beträgt in der Regel 4 Jahre (§ 169 Abs. 2 AO). Bei leichtfertiger Steuerverkürzung verlängert sie sich auf 5 Jahre, bei Steuerhinterziehung auf 10 Jahre. Für die Sozialversicherung gilt: Ansprüche auf Beiträge verjähren 4 Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie fällig geworden sind (§ 25 Abs. 1 SGB IV). Bei vorsätzlich vorenthaltenen Beiträgen beträgt die Verjährungsfrist 30 Jahre.

Was ist eine elektronisch unterstützte oder digitale Betriebsprüfung?

Die elektronisch unterstützte Betriebsprüfung (euBP), auch digitale Betriebsprüfung genannt, ist ein Verfahren des Finanzamts. Hier bei werden relevante steuerliche Daten – z. B. Finanzbuchhaltungsdaten, Buchungsbelege und Lohnunterlagen – elektronisch übermittelt und mittels Prüfsoftware analysiert. Auffälligkeiten oder unplausible Angaben können gezielt nachgefragt werden, wodurch der Aufwand für die Zusammenstellung und Vorlage der Unterlagen für das Unternehmen reduziert wird.

Die Teilnahme an der euBP ist grundsätzlich verpflichtend. Bis zum 31.12.2026 besteht jedoch auf Antrag die Möglichkeit, von der elektronischen Übermittlung befreit zu werden.