Steuerbefreiung, ärztliche und Krankenhausbehandlungen, Lieferungen von Medikamenten

Sachverhalt

Bei dem Verfahren ging es um den Begriff des mit einer Krankenhausbehandlung und einer ärztlichen Heilbehandlung eng verbundenen Umsatzes i.S. von Art. 13 Teil A Abs. 1 Buchst. b der 6. EG-Richtlinie (jetzt Art. 132 Abs. 1 Buchst. b MwStSystRL).

Die Klägerin, eine gemeinnützige GmbH, betreibt als Krankenhausträger ein Krankenhaus. In den Streitjahren (2005 und 2006) verfügte sie über eine sog. Institutsermächtigung gemäß § 116a SGB V, aufgrund der sie berechtigt war, neben stationären Behandlungen auch ambulante Behandlungen durchzuführen. Ambulante Behandlungen wurden darüber hinaus auch durch die bei der Klägerin angestellten Krankenhausärzte durchgeführt, die dabei gemäß § 116 SGB V aufgrund einer sog. persönlichen Ermächtigung tätig waren. In den Streitjahren behandelte die Klägerin Krebspatienten im Rahmen der sog. Chemotherapie. Die dabei an die Patienten verabreichten Zytostatika (Substanzen, die das Zellwachstum bzw. die Zellteilung hemmen und vor allem zur Behandlung von Krebs bei der Chemotherapie eingesetzt werden) wurden von der Klägerin in der von ihr betriebenen Krankenhausapotheke nach ärztlicher Verordnung individuell für den jeweiligen Patienten hergestellt. Die Klägerin verwendete die Zytostatika bei stationären Krankenhaus- und Heilbehandlungen in den Räumen des von ihr als Krankenhausträger betriebenen Krankenhauses. Die umsatzsteuerfreie Abgabe der Zytostatika für stationäre Leistungen der Klägerin war unstreitig. Die Klägerin ging davon aus, dass auch die Abgabe der in ihrer Krankenhausapotheke hergestellten Zytostatika für ambulante Behandlungen steuerfrei sei. Das Finanzamt ging demgegenüber aufgrund der Neuregelung in Abschn. 100 Abs. 3 UStR 2005 (jetzt Abschn. 4.14.6 Abs. 3 UStAE), von der Steuerpflicht der entgeltlichen Abgabe von Medik...