Die Besteuerung findet auf Anlegerebene statt, wobei Erträge aus der Kapitalanlage (zum Beispiel Zinsen, Dividenden, Mieterträge) jährlich auch dann zu versteuern sind, wenn diese nicht ausgeschüttet werden (sog. "ausschüttungsgleiche Erträge"). Dagegen werden Gewinne mit Kapitalanlagen (z. B. Rentenkursgewinne, Aktienkursgewinne, Termingeschäftsgewinne) auf Anlegerebene grundsätzlich erst dann versteuert, wenn diese tatsächlich ausgeschüttet oder über die Wertsteigerung bei Veräußerung der Fondsanteile realisiert werden. Gewinne aus der Veräußerung von vor dem 1.1.2009 erworbenen Fondsanteilen sind bei Privatanlegern steuerfrei. Mithin soll die Steuerlast für den Anleger weder höher noch geringer sein als bei einem direkten Investment in die Anlagegegenstände.
Nach Auffassung des BMF und als eines der Motive für das InvStRefG hat die aktuelle Besteuerungssystematik eine erhebliche Komplexität. Darüber hinaus sind der Finanzverwaltung diverse missbräuchliche Steuergestaltungen bekannt (z. B. Cum-Ex-Gestaltungen, das Erzeugen von künstlichen Verlusten durch das sog. Bondstripping, Kopplungsgeschäfte oder Gestaltungen mittels Ertragsausgleich etc.). Zudem bestehen erhebliche fiskalische Risiken aus einer möglichen Europarechtswidrigkeit des derzeitigen Systems, in dem inländische Fonds auf der Fondseingangsseite nicht mit deutscher Kapitalertragsteuer auf inländische Dividenden belastet wurden, während dies bei vergleichbaren ausländischen Investmentfonds der Fall war. Entsprechende Erstattungsanträge durch ausländische Fonds betreffen mehrere Mrd. Euro an Kapitalertragsteuern. Die hierbei geltend gemachte Diskriminierung wurde vom Gesetzgeber auch mit dem Gesetz zur Umsetzung des EuGH-Urteils v. 20.10.2011 in der Rs. C-284/09 (Streubesitzdividenden) nicht beseitigt, sodass unverändert Handlungsbedarf besteht.