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Die Vorschrift des § 16 Abs. 3 GrEStG betrifft nur die nachträgliche Herabsetzung einer Gegenleistung, nicht aber die Fälle, in denen Art und Umfang der Gegenleistung bereits bei Abschluss des Vertrags zweifelhaft oder ungewiss sind. Da auch bei einer nachträglichen Minderung der Gegenleistung die ursprünglich entstandene Grunderwerbsteuer – wie bei der Rückgängigmachung eines Erwerbsvorgangs – unberührt bleibt, sieht § 16 Abs. 3 GrEStG für solche Sachverhalte eine entsprechend niedrigere Steuerfestsetzung oder entsprechend geänderte Steuerfestsetzung vor. Ähnlich dem Verhältnis von § 16 Abs. 1 GrEStG zu § 16 Abs. 2 GrEStG findet § 16 Abs. 3 Nr. 1 GrEStG dann Anwendung, wenn die Herabsetzung der Gegenleistung im gegenseitigen Einvernehmen erfolgt, während § 16 Abs. 3 Nr. 2 GrEStG für die Herabsetzung der Gegenleistung aufgrund eines Rechtsanspruchs gilt.

Die Vergünstigung des § 16 Abs. 3 GrEStG geht nur soweit, als die Herabsetzung der Gegenleistung die grunderwerbsteuerrechtlich relevante Bemessungsgrundlage (§ 8 Abs. 1, § 9 GrEStG) eines Erwerbsvorgangs betrifft. Erstreckt sich die nachträgliche Herabsetzung der Gegenleistung auch auf Erwerbsgegenstände, die nicht den Begriff des Grundstücks (§ 2 GrEStG) erfüllen (z. B. Maschinen, Inventar), kann daher nur der auf das Grundstück entfallende Teil des herabgesetzten Betrags berücksichtigt werden (vgl. BFH v. 12.6.1968, BStBl II 1968, 749). Bei Erwerben im Zwangsversteigerungsverfahren muss das Meistgebot (§ 9 Abs. 1 Nr. 4 GrEStG) herabgesetzt worden sein, um § 16 Abs. 3 anwenden zu können (vgl. BFH v. 3.5.1973, BStBl II 1973, 709). Die Herabsetzung der Gegenleistung stellt kein rückwirkendes Ereignis nach § 175 Abs. 1 S. 1 Nr. 2 AO dar (vgl. BFH v. 22.7.2020, II R 15/18). Dies hat auch zur Folge, dass keine neue Verjährungsfrist beginnt (BFH v. 4.11.2019, II B 48/19).

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