Wichtig ist bei allen Betriebsprüfungen durch die Zollbehörden, dass eine vollständige und lückenlose Dokumentation vorhanden ist. Auch wenn die Abfertigung heute schnell und weitgehend elektronisch abläuft, sollten verschiedene Dokumente zu einem Vorgang auch zusammen auffindbar sein. Betriebsprüfungen werden vorher angekündigt, sodass vorher noch mal alles gecheckt werden kann.
Da nach dem Außenwirtschaftsgesetz (AWG) die Zollbehörden Hilfsorgane der Staatsanwaltschaft sind, können sie bei Verdacht auf Straftaten auf Anweisung der Staatsanwaltschaft oder eigenmächtig auch unangemeldete Betriebskontrollen durchführen und nötigenfalls Akten beschlagnahmen (Zollfahndung). Prinzipiell sind die Betriebsprüfer aber kooperativ und geben auch Hinweise auf verbesserte Betriebsabläufe oder Einsparmöglichkeiten. Ein entspannter Umgang miteinander hilft beiden Seiten. Im Zollrecht existiert ebenfalls die Möglichkeit einer strafbefreienden Selbstanzeige. Diese entfaltet strafbefreiende Wirkung im Vorfeld einer Betriebsprüfung jedoch nur, solange keine Prüfungsanordnung ergangen ist.
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