Eine GmbH & Co. KG, bei der ausschließlich die Komplementär-GmbH zur Geschäftsführung befugt ist, gilt ertragsteuerlich stets in vollem Umfang als Gewerbebetrieb (sog. "gewerbliche Prägung", § 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG), auch wenn sie ausschließlich eine rein vermögensverwaltende Tätigkeit ausübt.[19] Die gewerblich geprägte GmbH & Co. KG ist für einkommensteuerliche Zwecke zwar wie alle Personengesellschaften "transparent", d.h. die Einkünfte werden den Gesellschaftern anteilig – unabhängig von einer Entnahme[20] – zugerechnet. Die Gesellschafter erzielen jedoch ausschließlich Einkünfte aus Gewerbebetrieb (§ 15 EStG).[21]
Hinsichtlich der Besteuerung bestehen auch im Übrigen keine Unterschiede gegenüber einer originär gewerblichen GmbH & Co. KG. Da die Gesellschaft ausschließlich über Betriebsvermögen verfügt, gelten mit Blick auf Immobilienveräußerungen nicht die für Immobilien im Privatvermögen geltenden Besteuerungsregeln (insbesondere nicht die 10-jährige Spekulationsfrist, § 23 Abs. 1 S. 1 Nr. 1 EStG), sondern Gewinne aus der Veräußerung von Immobilien des Gesellschaftsvermögens unterliegen im Grundsatz auf Ebene der Gesellschafter der Einkommensteuer. Gegebenenfalls ist es jedoch möglich, eine sofortige Versteuerung der beim Verkauf realisierten Wertsteigerungen (stillen Reserven) zu vermeiden. Hierzu kann unter bestimmten Voraussetzungen in Höhe des realisierten Veräußerungsgewinns ein gewinnmindernder Abzug von den Anschaffungs-/Herstellungskosten von im selben oder im vorangegangenen Wirtschaftsjahr angeschafften anderen Immobilien erfolgen oder es kann eine gewinnmindernde Rücklage gebildet werden, die in späteren Jahren auf neu angeschaffte Immobilien "übertragen" werden kann (§ 6b EStG).[22] Hierdurch kommt es zu einem Steuerstundungseffekt.
Die Gesellschaft selbst unterliegt im Grundsatz der Gewerbesteuer. Eine auf Ebene der Gesellschaft zu zahlende Gewerbesteuer kann – innerhalb gewisser Höchstgrenzen – auf die Einkommensteuer der Gesellschafter angerechnet werden (§ 35 EStG). In jedem Fall wird der Gewerbeertrag bei immobilienhaltenden Gesellschaften um 1,2 % des Einheitswerts des zum Betriebsvermögen gehörenden, nicht von der Grundsteuer befreiten Grundbesitzes gekürzt (§ 9 Nr. 1 S. 1 GewStG). Beschränkt sich die Tätigkeit der Gesellschaft jedoch auf die Vermietung eigenen Grundbesitzes[23] oder wird daneben ausschließlich eigenes Kapitalvermögen verwaltet, so wird der maßgebliche Gewerbeertrag stattdessen auf Antrag um den Teil gekürzt, der auf die Verwaltung und Nutzung des eigenen Grundbesitzes entfällt (sog. erweiterte Kürzung, § 9 Nr. 1 S. 2 GewStG).[24] Die Erträge einer ausschließlich grundstücksverwaltenden GmbH & Co. KG unterliegen daher im Regelfall nicht der Gewerbesteuer.
Die gewerblich geprägte GmbH & Co. KG ist sowohl handelsrechtlich (§§ 6, 105 Abs. 2 HGB) als auch steuerrechtlich (§ 140 AO) buchführungspflichtig und zur Aufstellung von Jahresabschlüssen (§§ 238 ff., 264 ff., 264a Abs. 1 HGB; §§ 4 Abs. 1 S. 1, 5 Abs. 1 EStG) verpflichtet. Der steuerliche Gewinn wird durch Betriebsvermögensvergleich ermittelt (§ 5 Abs. 1 EStG) und den Gesellschaftern anteilig zugewiesen. Auch hier erfolgt eine einheitliche und gesonderte Gewinnfeststellung (§§ 180 Abs. 1 S. 1 Nr. 2, 181 AO). Es ist zudem zu berücksichtigen, dass handelsrechtlich eine Pflicht zur Offenlegung der Jahresabschlüsse im elektronischen Bundesanzeiger besteht (§§ 325-329 HGB). Diese kann auch nicht dadurch vermieden werden, dass eine natürliche Person als weiterer Komplementär bestellt wird. Denn dann wäre die Gesellschaft steuerlich nicht mehr gewerblich geprägt (§ 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG).
Zu beachten ist, dass die Gesellschafter einer gewerblich geprägten GmbH & Co. KG (ebenso wie bei einer originär gewerblichen Personengesellschaft) sog. Sonderbetriebsvermögen haben können.[25] Hierzu zählt etwa ein der Gesellschaft gewährtes Darlehen oder eine Immobilie, die vom Gesellschafter an die GmbH & Co. KG vermietet wird. Das Sonderbetriebsvermögen gehört steuerlich zum Mitunternehmeranteil des Gesellschafters, nicht zu dessen Privatvermögen.
Vergütungen, die der Gesellschafter für eine Tätigkeit im Dienst der Gesellschaft oder die Hingabe von Darlehen bzw. die Überlassung von Wirtschaftsgütern von der Gesellschaft bezieht, führen als Sonderbetriebseinnahmen ebenfalls zu gewerblichen Einkünften (§ 15 Abs. 1 S. 1 Nr. 2 S. 1 Hs. 2 EStG).[26] Auch Verbindlichkeiten eines Gesellschafters gegenüber Dritten (z.B. im Zusammenhang mit der Finanzierung des Gesellschaftsanteils) oder gegenüber der Gesellschaft selbst sind passives Sonderbetriebsvermögen, wenn ein hinreichender Veranlassungszusammenhang mit dem Betrieb der Gesellschaft oder der Beteiligung an dieser besteht. Auf solche Verbindlichkeiten entfallende, vom Gesellschafter geleistete Zinsen führen bei diesem zu Sonderbetriebsausgaben.[27]
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