Zu beachten ist die Trennung zwischen den im Regelverfahren (nach den individuellen Lohnsteuerabzugsmerkmalen) erhobenen Beträgen (Kennziffer 42) und der pauschal erhobenen Lohnsteuer (Kennziffer 41). Darüber hinaus wird die Pauschalbesteuerung von Sachzuwendungen nach § 37b EStG getrennt angemeldet (Kennziffer 44).
Durch den getrennten Ausweis besteht für die Finanzverwaltung die Möglichkeit, die vom Arbeitgeber insgesamt bescheinigte Lohnsteuer, mit der von ihm angemeldeten Lohnsteuer abzugleichen. Zudem können so, insbesondere durch die getrennte Angabe der pauschal erhobenen Lohnsteuer, Erkenntnisse für eine Außenprüfung gewonnen werden.
Die Aufteilung der im vereinfachten Verfahren erhobenen pauschalen Kirchensteuer auf die erhebungsberechtigten Konfessionen (Kennziffer 47) nimmt die Finanzverwaltung vor. Hierdurch wird für die Arbeitgeber das Anmeldungsverfahren erheblich erleichtert.
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