Nachgehend
Tatbestand
I.
Die Klägerin betreibt in H. ein Unternehmen der … fabrikation. Das Stammkapital der Klägerin wird zu 98,6 v. H. von der Firma … AB in … und von der Firma E. GmbH in … zu 1,4 v. H. gehalten. Ab 1.1.1986 ist die Klägerin nur noch als Holding-Gesellschaft tätig. Bis zum 31.12.1987 gehörte das Unternehmen der Klägerin zum … konzern … AB. Bis zu diesem Zeitpunkt bestand zwischen der Klägerin und der … AB ein (grenzüberschreitendes) Organschaftsverhältnis mit Ergebnisabführungsvertrag. Im Januar 1988 schlossen sich die … AB/… und die C./… zum heutigen A.-Konzern zusammen. Mit Wirkung von 1.1.1989 ist die Klägerin Organgesellschaft mit der … AG (… AG). Im Jahre 1983 wurde die A. GmbH … auf die Firma A. L. GmbH, … die heutige Klägerin, verschmolzen. Der sich aus der Verschmelzung ergebende Übernahmegewinn in Höhe von knapp … DM blieb gemäß § 15 in Verbindung mit § 5 Umwandlungsteuergesetz 1977 (UmwStG) steuerfrei.
Im Jahre 1984 wurden die Notarkosten für die im Zusammenhang mit der Verschmelzung abgeschlossenen Verträge in Höhe von … DM in Rechnung gestellt und von der Klägerin als Betriebsausgaben abgezogen. Nach einer Betriebsprüfung vertrat der Beklagte die Auffassung, daß die Klägerin diese Notarkosten gemäß § 3c EStG nicht als Betriebsausgaben hätte abziehen dürfen, weil sie mit steuerfreien Erträgen in wirtschaftlichem Zusammenhang stünden.
Gegen den dementsprechend geänderten Bescheid trug die Klägerin mit dem Einspruch vor, der Grund für die Erfolgsneutralität des Vermögensübergangs bei der Übernehmerin liege in dem Umstand, daß das Umwandlungsgesetz den Vermögensübergang lediglich als Addition von Eigenkapitalien des übertragenden und des übernehmenden Unternehmen auffasse. Die Steuerneutralität des Verschmelzungsvorganges qualifiziere den Verschmelzungsgewinn hingegen nicht in eine steuerfreie Einnahme im Sinne von § 3 c EStG. Abgesehen davon stünden die Notarkosten in keinem unmittelbaren wirtschaftlichen Zusammenhang zum Verschmelzungsgewinn, weil es sich hierbei um Kosten der Vermögensübertragung handele. Bei der Verschmelzung sei es anders als bei Sanierungskosten, weil hierdurch der Sanierungsgewinn z. B. durch den Erlaß von Schulden erzielt werde.
II.
Die zu dem im Einspruchsverfahren geänderten Bescheide vom 10.4.1995 ergangene Einspruchsentscheidung vom 3.11.1995 kommt zu einer Zurückweisung des Einspruchs.
Zwar sei der Einspruch gegen den Körperschaftsteuerbescheid 1986 zulässig, obwohl es um Notarkosten aus dem Jahre 1984 gehe. Da sich jedoch für 1984 und 1985 keine Körperschaftsteuerschuld ergebe, wirke sich die Streitfrage erst 1986 im Rahmen der § 10d EStG aus.
Der Rechtsbehelf blieb jedoch ohne Erfolg, da die Notarkosten nach § 3c EStG nicht abzugsfähig seien. Dies ergebe sich aus folgendem:
Nach § 5 Abs. 5 UmwStG sei ein Übernahmegewinn oder -verlust bei einer Verschmelzung der infolge des Vermögensübergangs sich ergebene Unterschiedsbetrag zwischen dem Buchwert der Anteile an der übertragenden Körperschaft und dem Wert, mit dem die übergegangenen Wirtschaftsgüter zu übernehmen seien. Der Buchwert sei der Wert, mit dem die Anteile nach den steuerlichen Vorschriften über die Gewinnermittlung in einer für den steuerlichen Übergangsstichtag aufzustellenden Steuerbilanz anzusetzen seien oder anzusetzen wären. Dieser so ermittelte Übernahmegewinn oder -verlust bleibe nach § 15 Abs. 2 UmwStG bei der Ermittlung des Gewinns der übernehmenden Körperschaft außer Ansatz. Überstiegen die tatsächlichen Anschaffungskosten den Buchwert der Anteile an der übertragenden Körperschaft, so sei der Unterschiedsbetrag dem Gewinn der übernehmenden Körperschaft hinzuzurechnen. Im Streitfall sei ein entsprechender Übernahmegewinn in Höhe von … DM für 1983 festgestellt worden. Die im Jahre 1984 angefallenen Notarkosten minderten diesen steuerfreien Übernahmegewinn nach § 15 Abs. 2 UmwStG; eine Versteuerung finde insoweit nicht statt.
Ein gleichzeitiger und zusätzlicher Betriebsausgabenabzug sei nicht möglich, da die Notarkosten nach § 3c EStG mit steuerfreien Einnahmen, nämlich dem steuerfreien Verschmelzungsgewinn, in unmittelbarem wirtschaftlichen Zusammenhang stünden und rein rechnerisch ein doppelter Abzug derselben Kosten schon von der Gesetzessystematik her nicht möglich sei. Auch nach § 15 Abs. 2 UmwStG außer Ansatz bleibende Verschmelzungsgewinne und entsprechend auch Verschmelzungsverluste fielen entgegen der Auffassung der Klägerin unter die Regelung des § 3c EStG.
Wegen der weiteren Einzelheiten wird auf den Inhalt dieser Einspruchsentscheidung Bezug genommen.
III.
Hiergegen richtet sich die vorliegende Klage, mit der die Klägerin ihr bisherigen Begehren weiterverfolgt.
Wegen der Klagebegründung im einzelnen wird auf den Inhalt der Klageschrift vom 30.11.1995 und des Schriftsatzes vom 27.2.1996 verwiesen; darin heißt es:
1.
Bei einer nach den Bestimmungen des Umwandlungssteuergesetzes erfolgten Verschmelzung der Tochtergesellschaft auf die Mutt...