Als Träger von medizinischen Versorgungszentren kommen insbesondere Personengesellschaften mit Ausnahme der Personenhandelsgesellschaften und GmbHs in Betracht. Medizinische Versorgungszentren sind steuerlich gesehen transparent. Von daher unterhalten die Ärzte nur Rechtsbeziehungen mit dem Träger des medizinischen Versorgungszentrums. Gründen Vertragsärzte eine GbR als Träger des medizinischen Versorgungszentrums und bringen sie ihre Einzelpraxen nach § 24 UmwStG in die GbR ein, sind §§ 24 Abs. 3 Satz 3 UmwStG, 16 Abs. 2 Satz 3 EStG zu beachten. Veräußert ein Vertragsarzt seine Einzelpraxis an die GbR, um anschließend im medizinischen Versorgungszentrum als angestellter Arzt tätig zu werden, liegt ein begünstigter Veräußerungsgewinn nur dann vor, wenn alle wesentlichen Betriebsgrundlagen veräußert werden. Zu den wesentlichen Betriebsgrundlagen dürfte auch die Vertragsarztzulassung gehören. Wird auf diese nicht verzichtet, liegt ein laufender Gewinn vor. Angestellte Ärzte erzielen Einkünfte nach § 19 EStG und Vertragsärzte als Gesellschafter Einkünfte nach § 18 EStG. Gründen die Vertragsärzte als Träger des medizinischen Versorgungszentrums eine GmbH und veräußern sie an diese ihre Praxen oder bringen sie diese in die GmbH ein, um anschließend als angestellte Ärzte unter Verzicht auf ihre Vertragsarztzulassung im medizinischen Versorgungszentrum tätig zu werden, erzielen sie Einkünfte aus § 19 EStG. Gleiches dürfte grundsätzlich auch dann gelten, wenn die Vertragsärzte ihre Praxen in die GmbH einbringen, aber nicht auf ihre Vertragsarztzulassung verzichten. Anders ist dies, wenn die vertragliche Vereinbarung zwischen dem Vertragsarzt-Gesellschafter und der GmbH eindeutig eine selbständige Tätigkeit erkennen lässt und diese auch tatsächlich durchgeführt wird. Gründen die Vertragsärzte eine GmbH als Trägerin des medizinischen Versorgungszentrums und schließen sich die GmbH und ihre Gründer zu einer GbR zwecks Betriebs des medizinischen Versorgungszentrums zusammen und rechnen die Vertragsärzte unter ihrer eigenen Vertragsarztnummer ab, erzielen sie insoweit aufgrund Abfärbung grundsätzlich gewerbliche Einkünfte. Entsprechendes gilt, wenn sie mit der GmbH als Trägerin des medizinischen Versorgungszentrums keinen Gesellschaftsvertrag, sondern einen Kooperations- oder Dienstvertrag abschließen. Die Vertragsärzte erzielen dagegen Einkünfte nach § 18 EStG, wenn die GmbH an der Personengesellschaft nur typisch still beteiligt ist.
(so Janzen, Medizinische Versorgungszentren im Steuerrecht, DStR 2020, 475)