Ist eine KapGes als Organgesellschaft i. S. d. §§ 14 oder 17 KStG anzusehen (vgl. 9.7.2), gilt die KapGes als Betriebsstätte des Organträgers (§ 2 Abs. 2 Satz 2 GewStG). Die Gewerbeerträge derjenigen Wj. des Organträgers und der Organgesellschaft, die in demselben Erhebungszeitraum enden, sind zusammenzurechnen und der Gewerbesteuer zu unterwerfen. Der einheitliche Gewerbesteuermessbetrag für die zum Organkreis gehörenden Gewerbebetriebe ist allein gegenüber dem Organträger festzusetzen (BFH vom 02.02.1994 BStBl II 1994, 768 unter II. Nr. 1). Der Gewerbeertrag der Organgesellschaft wird aber zunächst so ermittelt, als wenn sie selbst Steuergegenstand wäre. Aus diesem Grund ist die Organschaft bei einer Betriebsaufspaltung günstig. Sie erhält die gewerbesteuerlichen Vorteile dieser Gesellschaftsform (z. B. Abzugsfähigkeit der Geschäftsführergehälter in der Betriebs-KapGes unter Beibehaltung des Freibetrags und der Staffelbeträge gem. § 11 Abs. 1 und 2 GewStG für das Besitzunternehmen als Organträger). Vorteilhaft ist weiterhin, dass die Hinzurechnungen nach § 8 Nr. 1 GewStG a. F. (Dauerschuldzinsen) oder § 8 Nr. 7 GewStG a. F. (Miet- und Pachtzinsen) oder der Finanzierungsanteile gem. § 8 Nr. 1 GewStG i. d. F. des URefG 2008 (vgl. 9.5.1) bei der Betriebsgesellschaft unterbleiben, wenn die in Betracht kommenden Beträge bereits im Gewerbeertrag des Organträgers enthalten sind (BFH vom 09.11.1985 BStBl II 1986, 73; A 41 Abs. 1 Satz 5 f. GewStR 1998 bzw. R 7.1 Abs. 5 Satz 3 und 4 GewStR 2009) und dass eine Verrechnung von Gewerbeverlusten der Besitzgesellschaft mit positiven Gewerbeerträgen der Betriebsgesellschaft (ohne Einschränkung) erfolgt.
Problematisch ist die Verlustverwertung vortagsfähiger Fehlbeträge nach § 10a GewStG, die die einzelnen Unternehmen des Organkreises bis zum Beginn der Organschaft erzielt haben (sog. vororganschaftliche Gewerbeverluste). Hat die Organgesellschaft vororganschaftliche Verluste, ist ein Abzug nur von dem getrennt ermittelten positiven Gewerbeertrag des Organs selbst möglich (A 68 Abs. 5 Satz 1 GewStR 1998). Ein darüber hinausgehender Ausgleich mit den Gewinnen des Organträgers während des Bestehens der Organschaft ist nach der Rechtsprechung des BFH nicht zulässig (BFH vom 17.02.1972 BStBl II 1972, 582; vom 06.11.1985 BStBl II 1986, 73 und vom 23.01.1992 BStBl II 1992, 630). Dies folgt schon aus dem Grundsatz der Unternehmeridentität, nach dem ein Verlustabzug nur vom demjenigen geltend gemacht werden kann, der den Verlust in eigener Person erlitten hat. Ab 01.01.2004 können vororganschaftliche Verlustvorträge der Organgesellschaft während der Dauer der Organschaft nicht mehr berücksichtigt werden (§ 10a Satz 3 GewStG). Nach Verwaltungsauffassung gelten die Grundsätze bei der Organgesellschaft nicht für vororganschaftliche Verluste des Organträgers. Danach ist bei der Ermittlung des Gewerbesteuermessbetrags organschaftlich verbundener Unternehmen ein vororganschaftlicher Verlust des späteren Organträgers gewerbesteuerlich vom zusammengefassten positiven Gewerbeertrag von Organträger und (Gewinn erzielender) Organgesellschaft abzuziehen (Erlasse der obersten Finanzbehörden der Bundesländer vom 14.12.1999 BStBl I 1999, 1134). Der vororganschaftliche Verlust des Organträgers kann also mit Gewinnen der Organgesellschaft verrechnet werden.