Unabhängig vom Turnus allgemeiner Außenprüfungen führt die Finanzverwaltung besondere Außenprüfungen in Form von Umsatzsteuer-Sonderprüfungen durch. Dabei werden i. d. R. Einzelsachverhalte (z. B. Vorsteuerabzug und Vorsteueraufteilung bei der Vermietung von Gebäuden) geprüft. Im Gegensatz zu einer regulären Betriebsprüfung wird keine sog. Vollprüfung durchgeführt. Deshalb kann es vorkommen, dass bei einem Unternehmer während eines Jahres mehr als eine Sonderprüfung stattfindet. Vor allem Betriebe mit hohen Vorsteuerüberschüssen (z. B. bei Exportumsätzen oder Unternehmen im Gründungsstadium), aber auch kleinere und mittlere Betriebe müssen häufiger mit einer Umsatzsteuer-Sonderprüfung als einer normalen Betriebsprüfung rechnen. Die Sonderprüfung betrifft nur die Umsatzsteuer. Üblicherweise werden nicht 3 Jahre geprüft, sondern nur einzelne Monate oder Quartale, für die Umsatzsteuer-Voranmeldungen abgegeben worden sind.
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