Art. 45a Abs. 2 MwStSystRL-DVO sieht vor, dass eine Steuerbehörde die nach Absatz 1 der Vorschrift aufgestellte Vermutung widerlegen kann, dass die Gegenstände von einem Mitgliedstaat an einen Bestimmungsort außerhalb seines Gebiets, aber innerhalb der Gemeinschaft versandt oder befördert wurden. Die Widerlegung der Vermutung setzt daher voraus, dass die Steuerbehörden in der Lage sind, die erforderlichen Nachweise dafür zu erbringen, dass die Gegenstände tatsächlich nicht von einem Mitgliedstaat an einen Bestimmungsort außerhalb seines Hoheitsgebiets, sondern innerhalb der Gemeinschaft versandt oder befördert wurden. Dies kann z. B. der Fall sein, wenn die Steuerbehörden bei einer Kontrolle feststellen, dass die Waren noch im Lager des Lieferanten vorhanden sind oder wenn die Steuerbehörden von einem Vorfall während des Transports Kenntnis haben, der dazu führte, dass die Waren vor dem Verlassen des Gebiets vernichtet wurden.
Wenn die Steuerbehörden über die notwendigen Elemente verfügen, um die Vermutung zu widerlegen (angesichts der Art der Elemente, die für diesen Zweck erforderlich sind), ist die Befreiung nach Art. 138 MwStSystRL natürlich nicht anwendbar. In dieser Hinsicht bedeutet "Widerlegung der Vermutung", dass die Steuerbehörden im Besitz von Beweisen sind, die belegen, dass der Transport der Waren nicht stattgefunden hat.
Die "Widerlegung der Vermutung" unterscheidet sich von der Situation, in der eine Steuerbehörde nachweisen kann, dass eines der in Art. 45a Abs. 3 MwStSystRL-DVO als Beweismittel vorgelegten Dokumente entweder unrichtige Angaben enthält oder sogar gefälscht ist. Die Konsequenz wäre dann, dass die Voraussetzungen für einen der in Abs. 1 Buchst. a oder b der Vorschrift genannten Fälle nicht erfüllt sind. Der Lieferant kann sich daher nicht mehr auf die Vermutung berufen, dass die Versendung oder Beförderung von einem Mitgliedstaat zu einem Bestimmungsort außerhalb seines Hoheitsgebiets, aber innerhalb der Gemeinschaft erfolgt ist. Der Lieferer könnte jedoch immer noch in der Lage sein, entweder andere Dokumente i. S. v. Art. 45a MwStSystRL-DVO vorzulegen, die es ihm ermöglichen würden, von der Vermutung zu profitieren (es sei denn, die Steuerbehörden weisen erneut nach, dass diese Dokumente unrichtig oder gefälscht sind), oder er könnte ausreichende Beweise dafür vorlegen, dass die Voraussetzungen für die Befreiung nach Art. 138 MwStSystRL erfüllt sind
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