Im Rahmen der Prüfungsdurchführung wird zwischen der Einzelfallprüfung und der Systemprüfung unterschieden.
Die Einzelfallprüfung untersucht einzelne Ergebnisse im bestehenden Systemgefüge. Der Schwerpunkt wird hierbei auf die Zahlen des Finanz- und Rechnungswesens gelegt. Typische Arbeitsgebiete sind der Jahresabschluss, die laufende Buchhaltung, die Finanzplanung sowie Finanzierung, der Zahlungsverkehr, die Anlagenabrechnung oder die Rechnungsprüfung.
In der Praxis ist die reine Einzelfallprüfung in der internen Revision eher selten. Die Prüfung von einzelnen Verarbeitungsergebnissen ist meist verbunden mit der Prüfung des gesamten Systems. Systemprüfungen umfassen alle Bereiche des Unternehmens (Unternehmensplanung, Wirtschaftlichkeitsanalysen, Investitionen etc.) mit dem Ziel der Systemverbesserung.
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