Die Differenzbesteuerung kann mit einer Ausnahme auch auf Lieferungen in andere EU-Länder angewendet werden. Eine Ausnahme besteht für neue Fahrzeuge, für die der Erwerber in seinem EU-Land die Umsatzsteuer zahlen muss.

Wendet der Unternehmer bei einer innergemeinschaftlichen Lieferung die Differenzbesteuerung an, zahlt er die Umsatzsteuer in Deutschland. Der Empfänger muss aus der Rechnung, die er erhält, erkennen können, dass es sich nicht um eine steuerfreie innergemeinschaftliche Lieferung handelt. Damit keine Missverständnisse auftreten, sollte er in der Rechnung ausdrücklich darauf hinweisen, dass er die Lieferung der Differenzbeteuerung unterworfen hat.

 
Praxis-Beispiel

Innergemeinschaftliche Lieferung

Herr Huber liefert gebrauchte Computer, die er für 1.500 EUR eingekauft hat, für 2.095 EUR an einen Unternehmer in Estland. Herr Huber wendet die Differenzbesteuerung an und muss die Umsatzsteuer aus der Differenz von 595 EUR heraus rechnen. 595 EUR × 19/119 = 95 EUR muss er an sein Finanzamt in Deutschland abführen. In Estland findet keine Besteuerung des innergemeinschaftlichen Erwerbs statt.

Beim Empfänger liegt kein innergemeinschaftlicher Erwerb vor, weil Herr Huber als Lieferant die Differenzbesteuerung angewendet hat. Dass der Empfänger die Lieferung für sein Unternehmen bezieht, spielt dann keine Rolle.

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